La estructura administrativa de la CCCM está encabezada por una Comisión Administradora, con carácter honorario, integrada por:
La Comisión Administradora es responsable del manejo financiero-administrativo de la CCCM y delega la gestión de la misma en el Administrador General, quien responde directamente a la mencionada Comisión.
La Dirección de la CCCM está integrada por el Director Técnico y el Administrador General.
La Dirección Técnica es designada por el MSP y depende técnicamente de éste, es responsable de todos los aspectos técnicos del Laboratorio. La Dirección Técnica y Subdirección Técnica son ejercidas respectivamente por el Jefe del Sector Evaluación y el Director del Departamento de Medicamentos del Ministerio de Salud Pública.
Q.F. Karina Cuadra
Directora Técnica
Q.F. Isabel Slepak
Subdirectora Técnica
Cra. Stella Viglielm
Administradora General
La CCCM está integrada por 31 funcionarios distribuidos en los dos Sectores Operativos (Química y Microbiología) y las Unidades de apoyo: Muestreo, Administración, Calidad, Seguridad y Asesoría Informática.
Q.F. Mónica Hirschhorn
Jefa de Calidad y Sector Química
Q.F. Mauricia Corona
Jefa del Sector Microbiología